復會後，歷次理事長為：謝深山、李正宗、林惠官、陳杰。
　　於李正宗理事長任內堅決主張，強烈的爭取在主管機關的支持下，得以正名，不再沿用舊稱「第x屆第x次」之形式，於民國89年4月5日得以「第三屆」的名稱召開會員大會。所以
　　第二屆理事長 李正宗
　　第三、四屆理事長 林惠官
　　第五、六屆理事長 陳杰。

　　截至100年底為止，本會共有57個直屬工會，包括各縣市總工會、產業工會聯合會、職業工會聯合會、及全國性單一事業單位之產業工會，會員人數約91萬餘人。

　　依據工會法規定，本會現有51位理事（包括17位常務理事，再由其互選一位理事長）、17位監事（包括5名常務監事，其中一位為監事會召集人）。本會每年召開會員代表大會，每三個月召開一次理監事會，每個月召開一次常務理監事會。

　　現任第六屆理事長為陳杰，同時為第七屆立法委員。

　　副理事長為：蔡明鎮、蔡兩全、李昭平、陳瑞、李龍武。

　　秘書處之秘書長為胡國康。

　　副秘書長為馬潮、郭昇勳、潘興中。

下設六處，分別為：

　　組織處（主管組織發展、爭議陳情之調處，各種會議之籌辦，勞動條件之改善，權益之保障及社會運動）。

　　政策處（主管勞工政策及勞工議題，勞工權益方案及團體協商等之研究、勞工教育訓練、研討講習及職業培訓）。

　　總務處（主管財務、人事、事務、文書之綜合各處事項及勞工福利、勞工保險、安全衛生之改進與建議）。

　　新聞處（主管新聞、宣傳、出版及公共關係事項）。

　　國際處（主管國際勞工事務及涉外交流有關事宜）。

　　青年婦女處（主管青年及婦女勞工權益）。

　　本會積極爭取勞工權益，針對重要之勞工政策，除參與政府各項協商會議，舉辦座談會及教育講習活動蒐集工會建言，也適時以陳情遊行行方式表達意見，2000年曾發動萬人遊行爭取縮短工時，使我國法定工時由一周48小時縮短為雙周84小時，2001年5月1日、2002年5月20日均發動數千人遊行針對勞工法案提出工會意見。除此之外，針對重要勞動政策與法案，本會亦會邀集會員工會幹部以及相關學者專家討論，並提出真正有利於全國勞工的法案及政策版本。

　　此外，本會參與國際事務已有多年，目前分別參加三個國際性工會組織：分別是國際工會聯盟（International Trade Union Confederation, ITUC）、國際工會聯盟亞太區會（International Trade Union Confederation-Asia Pacific, ITCU-AP）及國際公共事業勞工聯合會（Public Service International, PSI）。本會理事長擔任國際自由工聯總會執行委員（Executive Board Member），以及國際自由工聯亞太區會（International Confederation of Free Trade Unions Asian- Pacific Regional Organization, ICFTU-APRO）之執行委員及指導委員（Steering Committee Member），本會並數次在國際自由工聯隊伍內以觀察員身分出席聯合國國際勞工組織（International Labor Organization, ILO）年會，突破我國不利的外交局勢，為我國勞工及國民做了良好的國民外交、勞工外交；近年來更密切與中國總工會及地方工會交流，與北京、四川、廣東、廣西、山西等地工會保持聯絡，每年互訪數次，切磋研究勞工議題。不但把國內勞工處境帶到國際，也把國際資訊帶回台灣，做到工會間的國際連結及交流。